いちどcommonmarkでHTMLに変換したのをxml2で読む、というのがまだるっこしく感じるんですけど、Markdownをパースしてリストにしてくれるパッケージとかないものなんでしょうか?
md <- " test ==== plot1 ----- ![this is plot1](./path/to/plot1) plot2 ----- ![this is plot1](./path/to/plot2) " library(commonmark) library(xml2) library(magrittr) html <- md %>% markdown_html() %>% read_html() html %>% xml_find_all(".//img") %>% xml_attr("src") #> [1] "./path/to/plot1" "./path/to/plot2"