現在Hadleyはggplot2 bookという本を執筆中です。ggplot2についてゼロから説明した本で、ggplot2を使っている人のバイブルとなるような本です。たぶん出版はだいぶ先なんですが、GithubレポジトリにあるコードをビルドすればPDFをつくることができます。
ちょっと自分のメモも兼ねて、Ubuntu 14.04でこの本をビルドする方法を書いておきます。WindowsとかMacとかでも「必要なパッケージをインストール」以降はたぶん同じです。
必要なパッケージをインストール
READMEによると、以下のものが必要とされています。
Ubuntuだと下のような感じです（pandocは別でインストールする）。私はよくわからないので言われるがままにtexlive-fullを入れましたが、これはやりすぎかも。texliveとtexlive-fonts-extra（Inconsolataフォントのために必要）くらいでいいのかも。
sudo apt-get install r-base r-base-dev \ texlive-full optipng \ git
最新版のknitrは、pandocのバージョンが1.12.3以降でないと動きません。これを自分で入れるのはけっこうめんどくさいので、RStudioのを使います。（RStudio Serverの場合はパスが/usr/lib/rstudio-server/...になります）
sudo apt-get install gdebi-core wget https://download1.rstudio.org/rstudio-0.99.489-amd64.deb sudo gdebi rstudio-0.99.489-amd64.deb sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc /usr/local/bin sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc /usr/local/bin
レポジトリをclone
git clone https://github.com/hadley/ggplot2-book
cd ggplot2-book
Rのパッケージをインストール
まず、libcurlとlibxml2をインストールしておきます。
追記：ggmap用にlibgdalとlibprojも
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libgdal-dev libproj-dev
終わったら、Rのパッケージをインストールします。この本はggplot2 1.1.0をベースに書かれているので、Githubから最新版のggplot2とかもろもろをインストールしないと動きません。
追記：ggplot2 2.0.0がリリースされました。が、依存パッケージはまだGithub版が必要だったりするので指示に従いましょう。
このあたりはREADMEの指示に従ってください。
install.packages("devtools") library(devtools) install_deps(".")
ビルド
tex/bookディレクトリがすでにできているので、いちどmake cleanしてからでないとビルドできません（これおかしいのでIssueに報告はしときました...）。
make clean make
これでbook/ggplot2-book.pdfができているはずです。
注意点
1. ビルドできると思ってはいけない
ggplot2はいまガンガン書き換えられているので、簡単にビルドできなくなります。
今も、stat_bin()を離散値では使えないようにする、という変更がggplot2に入ったためにビルドがこけます。
とりあえずプルリク投げときましたが、これがマージされたとしても束の間の平穏が訪れるにすぎません。たぶんまた何か変更が入って何かが壊れるでしょう。
運が良ければビルドできるかも、くらいに思っておいた方がいいです（こんな記事を書いといてなんですけど...）
2. 他の人の手元で動くと思ってはいけない
ビルドできたからといって、ggplot2 bookのコードが他の人の手元で動くとは限りません。ggplot2 1.1.0では相当な量の変更が入るので、現行バージョン（1.0.1）との互換性はあまり期待できません。 ggplot2 bookで覚えたコードを人に教えるときには注意が必要です。
まとめ
このようにビルドするのがかなり大変なggplot2 bookですが、読むと勉強になります。ggplot2を割とヘビーに使っている方は、目を通して損はないと思います。
